En la Guerra Civil Española tiene un papel secundario con el ejército sublevado contra la II República. Siendo célebre el altercado que mantuvo con Miguel de Unamuno el 12 de octubre de 1936 en el paraninfo de la Universidad de Salamanca, al que habían asistido diversas personalidades con motivo de la celebración de la Fiesta de la Raza (lo que hoy es el Día de la Hispanidad, el aniversario del descubrimiento de América): el arzobispo de Salamanca, Enrique Plá y Deniel, el gobernador civil, Carmen Polo Martínez-Valdés (esposa de Francisco Franco) y el propio Millán-Astray.
Lo que sucedió, según cuenta en su magna obra La guerra civil española el hispanista inglés Hugh Thomas, es lo siguiente: el profesor Francisco Maldonado, tras las formalidades iniciales y un apasionado discurso de José María Pemán, pronuncia un discurso en que ataca violentamente a Cataluña y al País Vasco, calificando a estas regiones como "cánceres en el cuerpo de la nación. El fascismo, que es el sanador de España, sabrá como exterminarlas, cortando en la carne viva, como un decidido cirujano libre de falsos sentimentalismos.
" Alguien grita entonces, desde algún lugar del paraninfo, el famoso lema "¡Viva la muerte!". Millán-Astray responde con los gritos con que habitualmente se excitaba al pueblo: "¡España!"; "¡Una!", responden los asistentes; (Algunos jóvenes estudiantes falangistas (según otros carlistas) intentan enmendar el viva la muerte con vivas a Cristo Rey y a la paz misericordiosa(...) pero son pagados por los ensordecedores gritos de ritual semirracionales y los siguen) "¡España!", vuelve a exclamar Millán-Astray; "¡Grande!", replica el auditorio; "¡España!", finaliza el general; "¡Libre!", concluyen los congregados. Después un grupo de falangistas ataviados con la camisa azul de la Falange hacen el saludo fascista, brazo derecho en alto, al retrato de Francisco Franco que colgaba en la pared. Se intenta así enmendar el incidente aunando esfuerzos de hermandad y moral(algo quebrada por el incidente) al unísono.
Miguel de Unamuno, que presidía la mesa, se levanta lentamente y dice: "Estáis esperando mis palabras. Me conocéis bien, y sabéis que soy incapaz de permanecer en silencio. A veces, quedarse callado equivale a mentir, porque el silencio puede ser interpretado como aquiescencia. Quiero hacer algunos comentarios al discurso -por llamarlo de algún modo- del profesor Maldonado, que se encuentra entre nosotros. Dejaré de lado la ofensa personal que supone su repentina explosión contra vascos y catalanes. Yo mismo, como sabéis, nací en Bilbao. El obispo , dice Unamuno señalando al arzobispo de Salamanca-, lo quiera o no lo quiera, es catalán, nacido en Barcelona. Pero ahora acabo de oír el necrófilo e insensato grito "¡Viva la muerte!" y yo, que he pasado mi vida componiendo paradojas que excitaban la ira de algunos que no las comprendían he de deciros, como experto en la materia, que esta ridícula paradoja me parece repelente. El general Millán-Astray es un inválido. No es preciso que digamos esto con un tono más bajo. Es un inválido de guerra. También lo fue Cervantes. Pero desgraciadamente en España hay actualmente demasiados mutilados. Y, si Dios no nos ayuda, pronto habrá muchísimos más. Me atormenta el pensar que el general Millán-Astray pudiera dictar las normas de la psicología de la masa. Un mutilado que carezca de la grandeza espiritual de Cervantes, es de esperar que encuentre un terrible alivio viendo cómo se multiplican los mutilados a su alrededor."
En ese momento Millán-Astray exclama irritado "¡Muera la inteligencia! ¡Viva la muerte!", aclamado por los asistentes. El escritor José María Pemán, en un intento de calmar los ánimos, aclara: "¡No! ¡Viva la inteligencia! ¡Mueran los malos intelectuales!".
Miguel de Unamuno, sin amedrentarse, continúa: "Éste es el templo de la inteligencia, y yo soy su sumo sacerdote. Estáis profanando su sagrado recinto. Venceréis, porque tenéis sobrada fuerza bruta. Pero no convenceréis. Para convencer hay que persuadir, y para persuadir necesitaréis algo que os falta: razón y derecho en la lucha. Me parece inútil el pediros que penséis en España. He dicho."
A continuación, los soldados al mando de Millán-Astray prendieron de forma espontánea a Unamuno, probablemente para fusilarlo; pero se salvó gracias a la intervención de Carmen Polo de Franco, quien agarrándose a su brazo lo acompañó hasta su domicilio.
Eduardo en la "Mascletà" y Paco en "el limbo", 
cosa peor que esta ¡¡¡...el clima de Alicante...ahh...y por si no estás bien jodid...falta Antonio Cañizares.
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